Powołanie do Komisji miało miejsce 26 marca 2019 r. Komisja działa od 1992 roku, a jej siedzibą jest Wydział Nauk Społecznych Uniwersytetu Śląskiego. Od 2015 roku funkcję przewodniczącego Komisji pełni prof. zw. dr hab. Wojciech Świątkiewicz. Aktualnie do Komisji należy ponad 60 osób związanych z ośrodkami naukowymi Cieszyna, Katowic, Bielska-Białej, Opola, Lublina, Wrocławia, Warszawy i Dąbrowy Górniczej oraz Ostrawy, Opawy, Bratysławy, Preszowa, Nitry i Żyliny.
Komisja zajmuje się interdyscyplinarnymi badaniami szeroko rozumianego sąsiedztwa polsko-czesko-słowackiego, głównie na terenach przygranicznych, w aspekcie historycznym, socjologicznym, kulturowym i ekonomiczno-społecznym. Komisja jest współwydawcą transgranicznej, międzynarodowej serii wydawniczej TRANSCARPATHICA. Prace EuroInstytutu Polsko-Czesko-Słowackiego.
30 listopada, 2018 roku w Cieszynie w obecności Wiceprezesa Rady Ministrów Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego dra Jarosława Gowina, Rektor Akademii WSB w Dąbrowie Górniczej prof. nadzw. dr Zdzisławy Dacko-Pikiewicz i naczelnika Oddziału PAN w Katowicach mgr Stefana Gajdy, reprezentantów szkół wyższych z Polski, Czech i Słowacji oraz licznie zgromadzonych władz samorządowych, prof. zw. dr hab. Wojciech Świątkiewicz – przewodniczący Komisji ds. Stosunków Polsko-Czeskich i Polsko Słowackich PAN O/Katowice, podpisał list intencyjny określający obszary współpracy między Komisją a Akademią WSB, reprezentowaną przez dr Joannę Kurowską - Pysz, która pełni funkcję Dyrektora Instytutu Studiów nad Współpracą Terytorialną i Międzyorganizacyjną.
Dzięki podjętej współpracy Komisja włączyła się w realizowany przez Instytut Studiów nad Współpracą Terytorialną i Międzyorganizacyjną Akademii WSB projekt: „Międzynarodowy program badań nad współpracą terytorialną i międzyorganizacyjną”, na który uczelnia uzyskała środki w konkursie: Regionalna Inicjatywa Doskonałości (MNiSW).